Uscendo dalla Cappella, a sinistra, subito sulla parete lastra tombale, con stemma, dell'Arcivescovo Aniello Calcara (1881-1961) e di fronte la superstite campata (sec. XIII) con copertura a volta ogivale, fortemente costolonata, di maniera sveva, mensole su capitelli triangolari pensili, che rappresenta una eccezione nel complesso architettonico dell'edificio ed attesta, fra l'altro, la probabilità che le collaterali fossero state in origine a volta. Nel transetto in 'cornu evangelii' il monumento funerario d'Isabella d'Aragona. Una nicchia archiacuta, posta a un metro dal pavimento, larga alla base m. 2.05, con un incavo di cm. 39, ed una atezza d'arco di m. 3.10, forma un trittico compartito da colonnine faccettate con capitelli fiorati su cui si innestano agili costole che incrociandosi realizzano degli archetti a trifoglio circondanti una rosa centrale a quattro lobi. In ogni comparto una statua: a sinistra quella d'Isabella d'Aragona (m. 1.18) al centro la "Vergine col Bambino" (m. 1.30), e a destra l'altra di Filippo III (m. 1.16).
Sia Isabella che Filippo sono ritratti genuflessi ed oranti e recano le corone reali. In ogni comparto una statua: a sinistra quella d'Isabella d'Aragona (m. 1.18) al centro la "Vergine col Bambino" (m. 1.30), e a destra l'altra di Filippo III (m. 1.16). Sia Isabella che Filippo sono ritratti genuflessi ed oranti e recano le corone reali. Il monumento venne rinvenuto (1891) durante i lavori di ripristino del transetto, e la sua identificazione fu merito principalmente dell'Arnone, professore cosentino appassionato cultore d'arte e storia, che per ciò venne lodato dal D'Annunzio. Il monumento venne rinvenuto (1891) durante i lavori di ripristino del transetto, e la sua identificazione fu merito principalmente dell'Arnone, professore cosentino appassionato cultore d'arte e storia, che per ciò venne lodato dal D'Annunzio. Somigliantissimo all'altra scultura esistente nell'abbazia di Saint-Denis a Parigi, è il ritratto di Filippo III; in misura minore, quello della moglie. Isabella, figlia di Giacomo I d'Aragona, essendo andata sposa a Filippo l'Ardito, secondogenito del re di Francia, aveva seguito il marito nella perigliosa ottava crociata, conclusasi in una catastrofe per le armi francesi.
Dall'Africa, sbarcati in Sicilia e ripassato lo stretto onde continuare il disagevole viaggio per ritornare in patria, al guado del Savuto, che scorreva impetuoso per le piogge, la regina fu sbalzata di sella (si dice che ciò avvenisse proprio sul ponte d'età romana tuttora esistente v. IT-6 - ma la coincidenza è un po' troppo opportuna per essere vera); trasportata a Cosenza, dopo aver dato alla luce un bambino, morì (28 gennaio 1271). Filippo III dopo aver disposto che i resti fossero trasportati in Francia, donava 100 once d'oro alla Chiesa Cosentina per la erezione di una Cappellania in memoria della consorte, e faceva quindi erigere la sepoltura commemorativa. Sul pavimento delle due absidi le modestissime lastre tombali degli arcivescovi Sorgente (1874-1911) e Nogara (1935-40). Nell'abside centrale, dietro l'altare maggiore, sormontato da un baldacchino opera di marmorai napoletani (1898), tredici incassi collegati da archi acuti costolonati, con affreschi degli "Apostoli" e "l'Assunta" opera di Paolo Vetri su cartoni di Domenico Morelli (1902-3).
A destra del transetto, il monumentale organo, benchè di recente costruzione (1950), ha subìto la sorte di tanti altri strumenti, anche più pregiati:
inutilizzato, abbandonato, ed infine sostituito da uno...elettronico. Subito dopo, scendendo la scalinata che conduce alla navatella destra, sarcofago in marmo rinvenuto (1935) nel sottosuolo dell'edificio durante i lavori di ripristino. Probabilmente relitto del sepolcreto classico ubicato nell'area su cui sorse la antica cattedrale, sembra sia stato riutilizzato per seppellirvi qualche illustre personaggio (alcuni sostengono si trattasse di Arrigo di Hohen staufen ).
Il sarcofago, lungo m. 2.15, ha su ogni lato un grifo accosciato, sul fronte una scena figurata con dieci personaggi: il mito della "Caccia al cinghiale calidonio". Date le caratteristiche tecniche, alquanto scadenti, il prodotto, pur appartenente alla classica simbologia dei sarcofagi greci, potrebbe probabilmente provenire dalla vicina Thurio, ed è quindi databile alla fine del II secolo d.C. Vicino, resti della antica pavimentazione, riportata in luce poco tempo fa.
Nella sagrestia, con porta d'ingresso (1655) ad intagli floreali traforati, con
Stemmi, di buon gusto, grandi armadi ad intagli lignei di artigiani roglianesi (1756), ove erano conservati numerosi parati dei secoli XVI-XVIII, alcuni dei quali a ricchissima decorazione, nonché reliquari del XVII secolo, calici (1793), busti metallici di Santi (secoli XVII-XVIII), e statue lignee del 1700, tutti ora nell'Arcivescovado, così come altre opere di buona fattura del 1600 e 1700, alcune delle quali attribuite al Pascaletti, al Dette Notti ed al Borremans.
Altre cappelle sono quella dei Ss. Filippo e Giacomo (XV sec.) e quella dell'Assunta (XVII sec.).
D'interesse anche i sobri confessionali barocchi del cosentino Giuseppe Pizzo (1700), provenienti dalla chiesa dei PP. Teatini (attribuzione: Mario Borretti).
