L'avventura in giallorosso
Nel 2004 viene acquistato dalla Roma per volere del neo-mister Claudio Prandelli, ma è una stagione travagliata per la società poichè, a causa di problemi famigliari, Prandelli lascia l'incarico a due settimane dall'inizio del campionato e al suo posto arriva il tedesco Rudi Völler che a sua volta darà le dimissioni il mese successivo.
La Roma corre ai ripari e Perrotta ritrova il suo ex allenatore: arriva nella capitale Luigi Del Neri, che cambia schema e lo fa sacrificare facendolo giocare come centrocampista di contenimento a sostegno di Totti, Cassano e Montella. Con la decisione tattica di ricostituire il cosiddetto "Trio delle meraviglie" i risultati tornano a migliorare.
Dopo un periodo di risultati altalenanti e un 7° posto in classifica a fronte delle ambizioni scudetto della Roma, il 14 marzo 2005, dopo la sconfitta per 3 a 0 a Cagliari, l'ex giocatore giallorosso Bruno Conti subentra come allenatore al posto di Del Neri, dimessosi pochi giorni prima. La Roma chiude il campionato col bilancio, poco lusinghiero, di 5 allenatori utilizzati in 12 mesi e una salvezza matematica solo alla penultima giornata di campionato, nonostante un 8° posto. Per Perrotta l'unica soddisfazione è l'esordio in Champions League, ma per il resto è una stagione fallimentare con molte critiche e contestazioni, con l'eliminazione al primo turno dalla Champions League e la doppia sconfitta in finale di Coppa Italia contro l'Inter (0-2 e 1-0) che nonostante tutto vale l'accesso in Uefa.
Nella stagione 2005/2006 arriva Luciano Spalletti e, benché il suo ruolo naturale sia quello di centrocampista centrale, ha anche agito da trequartista.
Attualmente Perrotta ha un contratto che lo lega ai giallorossi fino al 2008.
Nazionale
Con l'under 21 allenata da Marco Tardelli ha collezionato 6 presenze con un gol e ha disputato l'europeo di categoria del 2000 vinto 1-2 contro la Repubblica Ceca.
Con la nazionale maggiore ha esordito il 20 novembre 2002, nella partita contro la Turchia terminata 1-1.
Ha disputato da titolare gli Europei 2004 sotto la guida di Giovanni Trapattoni e, dopo un periodo di mancate convocazioni, è stato promosso titolare anche da Marcello Lippi per i Mondiali 2006.
Palmares
Nazionale
2000: Campione europeo under-21
2006: Campione del mondo in Germania
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Curiosità
Da ANSA, martedì 11 luglio 2006:
Un lungo applauso ha accolto Simone Perrotta arrivato nel suo paese d'origine per il matrimonio del fratello Massimiliano. La cerimonia si e' svolta nella chiesa di San Lorenzo, nel centro storico di Cerisano, nel Cosentino. Simone Perrotta ha salutato i numerosi parenti ed amici che erano nei pressi della chiesa dove si sta celebrando il matrimonio. Il calciatore e' poi salito su un piccolo palco e, in dialetto, ha detto di sentirsi al cento per cento calabrese.
