L’interno della chiesa ha una navata unica, che si profonda nell’abside, e due cappelle per ogni lato; intercalate da un setto di muratura, affiancato da paraste, che ospita in un vano i confessionali. Il programma costruttivo risulta così del tutto rispondente ai criteri della Controriforma che l’architettura gesuitica sempre interpreta con fedeltà e rigore. Le cappelle laterali, quasi celle d’orazione, invitano i fedeli alla preparazione del processo d’espiazione e di meditazione interna; secondo l’insegnamento degli esercizi spirituali di S. Ignazio di Loyola. Dopo tale esperienza di contrizione mistica, si può quindi accedere alla speranza della fede, immergendosi nel trionfo di luce ed oro che promana dall’altare maggiore; che un cartiglio contrassegna, non a caso, come Ara Piacularis (Altare dell’Espiazione). Ogni elemento dell’architettura interna si finalizza, quindi, al raggiungimento d’un simile traguardo. Nelle cappelle laterali, voltate a botte e senza luce, l’apparato decorativo si fa sobrio ed un altare, inquadrato da taglienti pilastri a prisma, incornicia l’effigie del santo titolare. Nel vano del presbiterio, viceversa, si dilunga l’altare maggiore, dovizioso di marmi e contornato di stucchi dorati, su cui piove dall’alto la luce dei finestroni ad ansa; unica fonte luminosa dell’aula, assieme all’altra derivante dall’opposto fronte di fabbrica. Un’unità di stile che svolge, con meditata accuratezza, l’unità d’intenti del programma teologico che la chiesa gesuitica controriformata si propone di conseguire.